Dinamica delle comunità batteriche e dei resistomi nei bacini di stabilizzazione dei reflui suini e nei suoli fertilizzati

Lo studio rappresenta un'indagine metagenomico-trasversale che integra approcci di sequenziamento shotgun su larga scala per caratterizzare la dinamica del resistoma in ambienti agro-zootecnici. Il disegno sperimentale prevedeva il campionamento sistematico da 20 aziende suine, con raccolta parallela di campioni di reflui grezzi pre-trattamento, campioni post-WSP e suoli agricoli suddivisi in due categorie: con e senza storico di fertilizzazione con letame. Questo approccio matching-case consente di isolare specificamente l'effetto dei trattamenti di stabilizzazione rispetto alle variabili ambientali. La metodologia metagenomico shotgun permette l'identificazione simultanea di molteplici ARG e MGE senza necessità di colture batteriche, fornendo un'immagine del resistoma complessivo. I risultati quantitativi indicano una trasformazione radicale della composizione filogenetica tra ambienti: i reflui mostravano dominanza assoluta di Bacillota, Bacteroidota e Pseudomonadota, mentre nei suoli il phylum Actinomycetota rappresentava oltre il 50% della comunità, con dominanza del genere Streptomyces. Particolarmente rilevante è l'osservazione che i WSP determinano una riduzione della diversità microbica Shannon con una selezione verso taxa oligotrofici e stress-tolleranti, evidenziando come il processo di stabilizzazione agisca come filtro ecologico. Nel contesto della resistenza antimicrobica, l'arricchimento di adeF nei suoli fertilizzati assume significato clinico poiché questo gene confere resistenza ai fluorochinoloni, antibiotici di primo utilizzo in terapia umana. L'aumento relativo dei geni ermB e mefA (resistenza macrolidica) nel letame trattato suggerisce una selezione selettiva durante la stabilizzazione. La scoperta più innovativa riguarda i pattern di co-occorrenza ARG-MGE: elementi fagici prevalevano nei reflui mentre trasposoni dominavano nei suoli, indicando diversi meccanismi di mobilizzazione genetica ambiente-specifici con implicazioni rilevanti per il potenziale di trasferimento genico orizzontale.