Confronto completo dei predittori di carenza di ricombinazione omologa nel carcinoma mammario triplo-negativo in stadio precoce

Lo studio rappresenta un'analisi comparativa sistematica particolarmente rilevante nel contesto diagnostico oncologico contemporaneo. Il campione include 235 pazienti provenienti da una coorte rappresentativa della popolazione nel sud della Svezia, caratterizzati da profilazione RNA-seq, sequenziamento dell'intero genoma, colorazione RAD51 foci su tissue microarray e immagini H&E digitalizzate. Questa metodologia multi-omica integrata consente una valutazione comprensiva della status HRD attraverso diverse piattaforme. I sette metodi testati rappresentano l'intero spettro delle approcci attuali: HRDetect e CHORD (basati su sequenziamento), scarHRD e copy number signature 17 (basati su numero di copie), RAD51-FFPE (funzionale), metodi basati su mRNA e DeepHRD (basato su imaging). L'analisi della concordanza ha rivelato che i metodi basati su sequenziamento e scarHRD mostrano il massimo accordo nella classificazione, con discordanze spiegate da fattori tecnici come contenuto di cellule tumorali inadeguato, profondità di sequenziamento insufficiente e processi di segmentazione difettosi. Significativamente, le discordanze nei metodi basati su mRNA e imaging erano associate a caratteristiche di sottotipo molecolare, suggerendo che il contesto della coorte di addestramento potrebbe influenzare le performance incorporando segnali non specifici dello stato HRD. I dati prognostici mostrano che nonostante le variazioni nella concordanza di classificazione HRD, tutti i sette metodi hanno dimostrato performance prognostiche approssimativamente simili nel sottogruppo di pazienti trattati con chemioterapia adiuvante, utilizzando la sopravvivenza libera da malattia invasiva come endpoint clinico. Questo risultato suggerisce che il valore clinico dei diversi approcci potrebbe superare le discordanze tecniche. Lo studio include anche un confronto esplorativo con l'assay Myriad myChoice CDx approvato dall'FDA su 18 tumori selezionati. Le implicazioni cliniche sottolineano la necessità urgente di ottimizzazione rigorosa dei flussi di elaborazione dati e delle definizioni di soglia per garantire consistenza, comparabilità e riproducibilità tra le piattaforme di classificazione HRD, essenziale per l'implementazione clinica standardizzata.