Analisi genomica di specie di Stenotrophomonas da fonti ambientali in Fiji e Australia

Questo studio rappresenta un'indagine genomica di ampio respiro sulla diversità e sulla genetica delle specie di Stenotrophomonas in ambienti non clinici. La metodologia ha impiegato l'isolamento selettivo da diverse nicchie ecologiche—acque dolci, suolo, biosolidi di scarto, acque reflue e agricoltura animale—utilizzando terreni di coltura differenziali specifici per maximizzare il recupero batterico. Il sequenziamento del genoma completo di 266 isolati ha permesso una caratterizzazione filogenetica approfondita, andando oltre i metodi tradizionali di identificazione. L'analisi filognomica ha rivelato un'inaspettata diversità genetica all'interno del genere, con l'identificazione di una singolare nuova specie australiana filogeneticamente correlata a S. indicatrix e S. lactitubi. Dal punto di vista del disegno sperimentale, gli isolati fijiani mostravano un profilo genomico notevolmente diverso da quelli australiani, con predominanza di S. maltophilia in Fiji, mentre l'Australia presentava una maggioranza di isolati non-maltophilia. La caratterizzazione genotipica ha focalizzato l'attenzione su geni ben caratterizzati di resistenza antimicrobica e virulenza precedentemente descritti in S. maltophilia, scoprendo che questi fattori di patogenicità erano presenti anche in altre specie del genere. L'analisi allelica della β-lattamasi cromosomica L2 ha dimostrato una distribuzione ubiquitaria all'interno del genere Stenotrophomonas, mentre il gene carbapenemasi L1 era ristretto a S. maltophilia e ai suoi parenti più prossimi. Questo dato è particolarmente rilevante nel contesto della resistenza antimicrobica ospedaliera, dove la comprensione della distribuzione dei determinanti di resistenza tra specie correlate è essenziale per la prevenzione delle infezioni nosocomiali. Lo studio amplia significativamente la conoscenza sulla prevalenza ambientale di queste specie patogene opportuniste.