Progettazione computazionale e valutazione sperimentale di un aptamero DNA biotinilato contro l’actina di Entamoeba histolytica

L'amoebiasi rappresenta un importante problema di sanità pubblica globale, con particolare rilevanza nelle aree a basso reddito dove l'accesso a risorse idriche sicure è limitato. La natura spesso asintomatica dell'infezione da E. histolytica complica la diagnosi precoce e il trattamento tempestivo, aumentando il rischio di complicanze severe come ascessi epatici, peritonite e disseminazione extraintestinale. L'actina, proteina citoscheletrica fondamentale nei parassiti, rappresenta un target biologico particolarmente interessante per lo sviluppo di strumenti diagnostici innovativi. La metodologia dello studio combina approcci computazionali avanzati con validazione sperimentale rigorosa. Lo screening iniziale di librerie genomiche di tRNA consente l'identificazione di sequenze ad alta affinità mediante algoritmi di docking molecolare, riducendo drasticamente lo spazio di ricerca rispetto alle tradizionali metodiche SELEX. Le simulazioni di dinamica molecolare forniscono informazioni sulla stabilità strutturale del complesso aptamero-target nel corso del tempo, rivelando che, sebbene la struttura complessiva del complesso APT29-EhActin rimanga stabile, le interazioni a ponte di idrogeno mostrano fluttuazioni temporali significative. L'espressione della proteina ricombinante in E. coli LEMO21 con vettore pET28a(+) rappresenta una scelta metodologica ottimale, facilitando la produzione su larga scala e la pulizia della proteina. L'ELONA (Enzyme-Linked Oligonucleotide Assay) emerge come tecnica di scelta per quantificare l'interazione aptamero-target, offrendo sensibilità e specificità superiori rispetto ad approcci convenzionali. Il valore di Kd di 44,72 nM indica un'affinità di legame eccellente, posizionandosi favorevolmente rispetto ad altri aptameri descritti in letteratura per target parassitari. Il limite di rilevamento di 0,4 μg/well utilizzando estratto proteico totale di E. histolytica suggerisce applicabilità pratica in contesti diagnostici reali dove la concentrazione antigenica può variare significativamente. Nel panorama scientifico attuale, gli aptameri rappresentano un'alternativa promettente agli anticorpi monoclonali tradizionali, offrendo vantaggi quali minore immunogenicità, stabilità chimica superiore e facilità di coniugazione con molecole reporter.